A construção da atual estação de Braga foi iniciada em 2003, no âmbito do projeto "Estações com Vida" que tinha como objetivo a transformação das estações em espaços de dinamização social, cultural e económica das localidades onde se inserem.

O primeiro edifício de passageiros foi integrado no projeto de remodelação do novo edifício de passageiros, inaugurado em 21 de abril de 2004, data em que o Ramal de Braga foi reaberto após obras de modernização que permitiram o serviço dos comboios Alfa Pendular.

Com projeto da autoria do arquiteto Paulo Calapez, trata-se de um edifício de topo, cuja fachada principal é encimada por uma armação esférica e estrutura metálica. No Piso -1 foram deixadas visíveis as ruínas de um antigo balneário romano, identificado nas escavações arqueológicas que precederam as obras.

O antigo edifício de passageiros deixou de ser utilizado como interface ferroviária, tendo sido cedido à Câmara Municipal de Braga. Após obras de requalificação, foi inaugurado em 5 de julho de 2013, albergando várias instituições de cariz cultural e turístico.